La historia de esta escuela se remonta al año 1930 año en que con una matrícula de 60 alumnos y bajo la tutela de las maestras Doña Amelia de Ossandon y doña Elena Valenzuela da inicio a sus funciones bajo el nombre de Escuela Básica Nº 17 el cual perdura hasta 1943. El año 1944 recibe el nombre de Escuela Miseta Nº 13 de Chollay, a esa fecha la escuela cuenta con una matrícula de 99 alumnos. En 1979 su nombre cambia a Escuela Básica G-46. Años después es bautizada con el nombre de Aglade Marín Vargas en homenaje a una destacada vecina quien se destacó en su labor de poeta y cantora del mundo rural.
En sus comienzos la escuela funcionaba en la localidad de Malaguín en la casona de la familia Álvarez oriunda del sector. Con posterioridad don Pascual Arcos donó los terrenos donde actualmente se encuentra la Escuela en la localidad de Conay.
Actualmente cuenta con una matrícula de 11 alumnos de primer, tercer, quinto y sexto año básico y está a cargo del profesor don Gonzalo Muñoz Colmans quien se desempeña en este establecimiento desde el año 2004.
